PKBI didirikan pada tanggal 23 Desember 1957 di Jakarta, sebagai Lembaga Swadaya Masyarakat (LSM). Perkumpulan ini berdiri dilandasi kepedulian terhadap keselamatan ibu dan anak. Gagasan ini muncul, karena para pendiri perkumpulan yaitu Dr. R Soeharto (dokter pribadi Bung Karno) bersama kawan-kawannya pada saat itu (1957) melihat angka kematian ibu dan anak sangat tinggi.

Kematian ibu cukup tinggi, pada umumnyakarena pendarahan akibat seringnya melahirkan dan kematian anak juga tinggi antara lain karena proses kelahiran bayi yang kurang sehat dari akibat kehamilan yang tidak sehat, kekurangan gizi dan kurangnya perawatan pada masa kehamilan. Untuk merealisasikan cita-cita yang luhur itu maka para pendiri perkumpulan sepakat mendirikan suatu Lembaga Swadaya Masyarakat dengan nama Perkumpulan Keluarga Berencana Indonesia (PKBI).

Kemudian pada tahun 1967 PKBI menjadi anggota Federasi Keluarga Berencana Internasional yaitu IPPF (International Planned Parenthood Federation) yang berkantor pusat di London. Tahun ini juga merupakan tahun berdirinya PKBI Propinsi DIY. Awalnya PKBI DIY hanya sebagai tempat pelatihan dari PKBI pusat tetapi dalam perkembangannya PKBI DIY mampu mengembangkan program baik remaja maupun para suami/istri, dan perempuan yang belum menikah. Setelah itu berkembang lagi dengan menjangkau komunitas seperti waria, gay, pembantu rumah tangga, pekerja seks, buruh gendong, tukang becak.